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     ▼kanabun さん: 
お世話になっています。私は初心者なので当たり前のことがわかっていないので知識が足りないコメントをしていたらすいません。私が作ったマクロに組み込むのは大変そうなので、kanabunさんが作成していただいたマクロを少し改変して様々なパターンについてはすべて並列で入力すればいいという事がわかりました。たとえば一文字違いなどについてはtry2に以下のようにするなどすればいいかなとおもいました。実際にうごかしてうまくいきました。 
しかも、複数のセルを選択してマクロを動かすとすべてのセルで一気に色が変わり、大文字になるという事がわかりました。ですので256文字の壁さえクリアできればほぼ目的は達成できるのではないかと思います。なぜ256文字以上はうまくいかないのか私の知識ではわかりませんが、もしkanabunさんがお分かりになりましたら教えていただけたら幸いです。 
Sub Try2() 
  Dim c As Range 
  For Each c In Selection 
    RepChar c, "gggtca", 4 ' サブプロシージャ呼び出し 
    RepChar c, "cggtca", 4 
    RepChar c, "tggtca", 4 
  Next 
End Sub 
Sub Try1() 
  Dim c As Range 
  For Each c In Selection 
    RepChar c, "aggtca", 3 ' サブプロシージャ呼び出し 
  Next 
End Sub 
 
'c: 対象セル  What:検索文字列  ColorIndex:Font色Index 
Sub RepChar(ByVal c As Range, What As String, ColorIndex As Long) 
  Dim j As Long 
  Do 
    j = InStr(j + 1, c.Text, What) 
    If j = 0 Then Exit Do 
    With c.Characters(j, Len(What)) 
      .Text = UCase$(What)      ' 大文字にする 
      .Font.ColorIndex = ColorIndex' Font色 変更 
    End With 
  Loop 
   
End Sub 
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